정부, 조정대상지역 2주택 처분기한 2년으로 단축…10월부터 시행

앞으로 조정대상지역에서 집을 갈아타는 일시적 2주택자의 종합부동산세·양도소득세 특례 기간이 3년에서 2년으로 줄어든다.

재정경제부는 29일 열린 제42회 국무회의에서 소득세법 시행령, 법인세법 시행령, 종합부동산세법 시행령, 상속세 및 증여세법 시행령 일부개정령안이 심의·의결됐다고 밝혔다.

이번 시행령 개정은 지난달 3일 발표한 ‘2026년 세제개편안’의 후속 조치로 오는 10월 1일부터 시행된다.

우선 조정대상지역 내 일시적 2주택 특례기간을 3년에서 2년으로 단축한다. 현재 조정대상지역에 주택을 보유한 사람이 같은 조정대상지역에서 새 주택을 취득해 일시적 2주택자가 되면 3년 안에 종전 주택을 처분할 경우 양도세와 종부세상 1세대 1주택 특례를 받을 수 있다.

양도세는 양도가액 12억 원 이하분을 비과세하고 장기보유특별공제를 최대 80%까지 적용한다. 종부세는 12억 원의 기본공제와 고령자·장기보유 세액공제를 최대 80%까지 받을 수 있다.

정부는 조정대상지역 2주택자에 대한 과세특례를 합리화한다는 취지에서 종전 주택 처분기한을 2년으로 1년 줄이기로 했다.

양도세는 지난달 4일 이후 신규 주택을 취득하고 다음달 1일 이후 종전 주택을 양도하는 경우부터 적용한다. 종부세는 지난달 4일 이후 신규 주택을 취득한 경우 내년 6월 1일 납세의무 성립분부터 적용한다.

다만 지난달 3일까지 주택을 취득했거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전 규정을 적용한다.

조정대상지역 매입임대 아파트에 대한 세제 혜택에는 종료 시점을 설정한다. 현재는 임대주택 등록이 말소된 이후에도 다주택자 양도세 중과 배제와 법인의 주택 양도 시 추가 과세 배제가 계속 적용된다.

앞으로는 조정대상지역에 있는 장기일반·단기 매입임대 아파트에 한해 원칙적으로 2027년 12월 31일까지 양도해야 기존 특례를 적용한다. 조정대상지역의 비아파트와 조정대상지역 밖의 아파트, 건설임대·공공지원 임대주택은 기존 특례를 유지한다.

내년 1월 1일 기준 의무임대기간이 끝나지 않은 주택은 등록 말소일부터 1년까지 특례를 인정한다. 중과 배제 기한이 끝나기 전에 재건축·재개발 절차가 시작된 경우에는 이전 고시일부터 1년이 되는 날까지 적용한다.

임대사업자가 보유한 ‘거주주택’에 대한 1세대 1주택 특례는 입법예고 과정에서 나온 의견을 반영해 현행대로 등록 말소일부터 5년간 유지한다.

상생임대주택에 대한 양도세 거주 요건 면제 특례는 올해 말 종료한다. 현재는 임대료 증가율을 5% 이내로 유지하면서 2년간 상생임대를 하면 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제를 받기 위한 2년 거주 요건을 면제한다.

정부는 신규 상생임대 특례를 올해 12월 31일 종료하고 상생임대가 끝난 뒤 1년 이내에 주택을 양도한 경우에만 거주 요건을 면제하기로 했다. 이에 따라 특례 적용은 최대 2029년 말까지 가능하다.

반면 비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 세제지원은 1년 연장한다. 종부세와 양도세를 계산할 때 비수도권 준공 후 미분양주택을 주택 수에서 제외하는 특례 등의 적용 기한을 2027년 말까지 연장한다. 기업구조조정 부동산투자회사가 취득한 비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 종부세 합산 배제와 법인세 추가 과세 배제도 같은 기간 연장된다.

금윤호 더나은미래 기자

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